Blast在windows下的使用过程

2.1在c盘下建立三个包

 移动到blast有bin的包下，输入blastn -version来看是否安装成功

2.2创建db

 这个最后一个出问题了，它提示我File nr does not exist，然而我的nr文件是存在的。后来发现nr必须有文件后缀。（nr.fasta是要建成数据库的文件）

（建库命令:makeblastdb -in nr.fasta -dbtype prot -title "nr" -out NR）

 2.3建好库后测试

 到这一步基本上在win下已经能够正常的调用blast来运行代码了。这些处理结果和输入参数看不明白，也不用看明白。

三、常用的blast命令

二、格式化数据库
基本运行指令
formatdb -i DBfile1 -p (T/F) -o (T/F)
-i：输入需要格式化序列库的绝对路径，序列库一般一般使用的是fasta文件。

-o [T/F]：判断是否分析序列名并建立序列名索引。“T”表示建立序列名索引，“F” 表示不建立序列名索引。默认值为F。

-p [T/F]：选择建库的类型，“T”表示建立的是蛋白质数据库，“F”表示建立的是核酸数据库，缺省值为T。

java代码
Process process = Runtime.getRuntime.eexec("formatdb -i DBFile -p T -o T");

process.waitFor(); //等待命令执行结束，获取执行结果

程序运行结束后，如果建立的是核酸库，-o为F时，会输出**.nhr，**.nin，**.nsp文件，-o为T时，还会多输出**.hsd，**.nsi，**.nni和**.nnd文件。类似的，当建立的是蛋白质也会输出相应的文件：[-o F]--**.phr，**.pin，**.psq；[-o T]--**.psd，**.psi，**.pni，**.pnd。

三、在数据库中查询相应序列并返回结果
1.基本运行指令：blastall -i query.fasta -d database_prefix -o blast.out -p blastn [-e value -F (T/F) -m value -v 500 -b 250 -T (T/F)]
2.blast主程序blastall
程序的输入文件是query序列（-i参数）库文件（-d）
选择（-p）和输出文件(-o)有用户绝定
-p有五种取值：百度查找
3.-e参数
筛选适当的比对结果,指定一个参数，选出比这个参数大的期望值
4. -F (T/F)参数
用来屏蔽简单重复和低复杂度序列的。
T：程序在比对过程中会屏蔽掉query中的简单重复和低复杂度序列
F：不会屏蔽
缺省值（默认值）为“T”。
5.-m参数
设定输出格式，供选择为0~11之间的整数。默认0.
6.-v,-b参数
-v 默认值500，规定输出中的每一个query的比对列表最多显示subject的个数
-b 默认250，规定输出中每个query最多显示与多少subject的比对条形图
7. -T 参数
用于决定是否输出html格式的比对结果。
9.-W参数
指定坐比对的字的长度。

四、java程序中调用blast

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