R语言绘图——层次聚类图及树状图添加side bar
2021-02-11 21:19
标签：web 部分 length The 导致 层次聚类 ima org mat 聚类分析作图往往包含热图（heatmap)和树状图（dendrogram）。热图用来展示每个样本点数值大小和聚集模式。树状图用来表示样本之间以及变量之间的距离远近（或者相似性大小）。R官网目前提供了至少45个可以绘制热图的包（packages），其中比较常见的、可以添加行列注释信息条的聚类作图包有pheatmap、gplots等等。以下简单介绍一下对热图（heatmap)和树状图（dendrogram）添加注释信息条（side bar)的方法（以mtcars数据集为例）。 结果如下图： 如果数据量比较大，不想显示热图部分，而只想显示树状图部分，则可以使用dendextend包（仍以mtcars数据集为例）实现。 结果如下图： 另：有时候数据量非常大，样本名称叠加到一起会糊成一片，导致看不清楚。不如去掉样本名称，代码如下： 结果如下图所示： 参考资料： [2] Hierarchical cluster analysis on famous data sets - enhanced with the dendextend package R语言绘图——层次聚类图及树状图添加side bar 标签：web 部分 length The 导致 层次聚类 ima org mat 原文地址：https://www.cnblogs.com/eat-drink-breathe-hard/p/12731602.html树状图+热图+side bar
library(gplots)#导入R包
data(mtcars)#导入示例数据
x 
树状图+side bar
library(dendextend)#导入R包
data(mtcars)#导入数据
dend 
#画图
par(mar = c(12,4,1,1))
labels(dend) 
[1] Frequently asked questions
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文章标题：R语言绘图——层次聚类图及树状图添加side bar
文章链接：http://soscw.com/index.php/essay/54183.html